1.办公室（信访稳定和安全生产办公室）

2.人事科

3.财务科

4.规划与信息化工作科

5.体制改革科（政策法规科）

6.传染病防控科

7.卫生与免疫规划科

8.医政科（行业作风建设办公室）

9.中医管理科

10.中医药发展科

11.基层卫生健康科

12.监测预警与卫生应急处置科

13.科技教育科

14.综合监督科

15.药物政策与食品安全科

16.老龄健康科

17.妇幼健康科

18.人口监测与家庭发展科

19.宣传科

20.保健科（离退休干部工作科）

21.行政审批科

22.机关党委